بالنسبة لواشنطن، يمثل مقتل أيمن الظواهري نهاية فصل من "الحرب على الإرهاب". أما بالنسبة لتنظيم "القاعدة"، فيُشكل تحدياً كبيراً يتعلق بالخلافة، وتحدياً أكثر صعوبة على المدى البعيد يتمثل في حل التوترات والتناقضات الداخلية التي ظلَّ التنظيم يتغاضى عنها لسنوات، حتى باتت تُهدد وجوده. وحقيقة أن الظواهري قُتل في كابول تُلقي بظلال من الشكّ على فكرة أن أفغانستان يمكن أن تكون بمثابة منصة لإحياء "القاعدة"؛ حتى لو سمحت حركة طالبان بذلك، بحسب تقرير كول بونزل في "الفورين أفيرز".